Музей історії ХДУ підпорядковується в оперативному управлінні першому проректору Омельчуку С.А. і входить до складу музейно-архівного центру. Робота музею організовується на основі самоврядування, вищим керівним органом якого є рада музею – 16 осіб.
Музей історії ХДУ став важливим осередком виховної роботи серед студентів університету та профорієнтаційної – серед учнівської молоді. Великий виховний потенціал музею зумовлений тим, що він дає можливість поєднати старі, давно відомі та вже достатньо випробувані, перевірені часом виховні засоби з новими, недавно винайденими.